Nous retrouvons dans le tome IV la cité de Calvin où les ennemis religieux, politiques ou personnels d'Adolphe s'acharnent de jour en jour davantage contre lui ; sa compagne elle-même, après l'avoir quitté, rallie le parti de ses adversaires, et ses meilleurs amis meurent ou s'éloignent de Genève.
Il rêve de créer une chevalerie moderne, une nouvelle morale qui serait enseignée dans toutes les facultés des sciences, puis il ouvre un «magasin d'idées ou d'idéals» et devient une sorte d'écrivain et de penseur public.
Et ce roman d'un croyant se termine par une espèce de congrès ou concile œcuménique universel, où se trouvent rapprochées et harmonisées toutes les principales idées, nouvelles ou non, sur la religion, l'immortalité de l'âme et Dieu.