Lina et Doon, les deux personnages principaux de "La cité de l’ombre", ont réussi à fuir la cité souterraine d’Ember dans laquelle ils avaient toujours vécu. Ils guident leur peuple vers l’air libre. Les habitants d’Ember découvrent ce monde nouveau, baigné de couleur et de vie. Les habitants du village de Sparks, qui vivent ici, semblent désireux de les aider. Mais la vie à la surface n’est pas sans problème pour les anciens habitants de la cité souterraine. Le soleil provoque des brûlures sur leur peau très pâle. Les insectes mordent et piquent… Ces difficultés d’adaptation, cette différence de milieu, provoquent bientôt la colère et la haine. La violence n’est pas loin. De plus, les gens de Sparks, tout d'abord accueillants, n’ont jamais rencontré d’étrangers et ils ont du mal à intégrer les nouveaux venus dans leur société…