L'action se passe au Chiapas, dans le sud du Mexique, près du Guatemala. Elle met en scène, d'une part les «ladinos», Blancs de Ciudad Real, d'autre part les indiens tzotziles de San Juan Chamula, les uns exploités par les autres. Des nombreux personnages qui nous
sont présentés successivement avant que l'action ne les entraîne dans une commune tragédie, les figures dominantes sont celles de Fernando Ulloa, ingénieur progressiste qui tente de réaliser la réforme agraire ; de Leonardo Cifuentes, riche propriétaire si peu enclin à renoncer à ses «droits» de Blanc que l'un de ceux qu'il exerce consiste à violer les jeunes indiennes que lui procure une entremetteuse ; de Catalina Diaz Puilja enfin, femme de l'ancien juge de la communauté indienne, et qui est une ilol, une inspirée.
Ulloa et son assistant, le jeune César, entreprennent de faire l'éducation politique des Indiens, de leur révéler qu'ils ont des droits, que l'oppression où ils vivent depuis des siècles n'est pas un mal à jamais inguérissable. lci le récit prend un ton imprévu, qu'aucun écrivain, s'il n'était pas né, comme l'auteur, au Chiapas même, n'aurait, sans doute osé imaginer. La «bonne nouvelle» de justice sociale annoncée aux Indiens prend en eux une dimension immédiatement métaphysique ; ils se persuadent que leurs dieux vont ressusciter, ou que de nouveaux dieux vont venir, des dieux à eux. Catalina prophétise. Le curé Manuel est mis à mort dans la caverne où il officie. L'enfant indien Domingo, enfin, son propre neveu, est crucifié : ainsi, comme les Blancs, ils auront un Grand Sacrifié, qui les rend les égaux des «ladinos». Ils se soulèvent alors. Conduits par l'époux de Catalina, et par Ulloa, qui a pris leur parti, les Indiens se font massacrer ; Ulloa sera assassiné dans sa prison ; Cifuentes qui a dirigé contre eux la résistance se prépare à une brillante carrière politique.
Roman traditionnel par sa composition, son écriture, Le Christ des ténèbres fait exception dans la littérature «indigéniste». Certains
défenseurs idéalistes des Indiens n'y sont pas moins condamnés que leurs oppresseurs : ce sont ceux qui, simplifiant le problème, se refusent à voir que, chez l'Indien, le besoin de s'inventer ses propres mythes et ses propres dieux est aussi puissant que son désir de justice, et qu'ils ne pourront être satisfaits qu'ensemble.