Le 21 février 1840, le père Thomas, religieux d'origine sarde résidant depuis de nombreuses années à Damas, ainsi que son serviteur, disparaissent. Aussitôt les Chrétiens de la ville accusent les Juifs d'avoir «immolé» le religieux afin de recueillir son sang. Ce drame se produit moins de quatre mois après l'arrivée du premier consul de France en Syrie, le comte Ulysse de Ratti-Menton. Or un traité franco-turc de 1740 reconnaît aux diplomates français un droit de protection sur les catholiques de l'Empire ottoman. Le nouvel arrivé en profite pour mener l'enquête concernant ces disparitions. Sa conviction, dès les premières heures, est établie : les coupables sont les membres d'une famille juive de notables. Avec la police du Pacha, il va s'attacher à le démontrer. Le Consul, que les méthodes d'interrogatoire orientales ne rebutent pas, bouclera son instruction en quelques semaines. Ses conclusions devront forcément déboucher sur des exécutions.
Les communautés juives de France et d'Angleterre - alors que leurs pays sont au bord du conflit - décideront d'envoyer deux hommes pour sauver de prétendus coupables dont l'innocence paraît évidente.
Henri Heine, en poste à Paris pour La Gazette d'Augsbourg, consacrera plusieurs articles à l'Affaire de Damas. Dès le 7 mai 1840, révolté par ce qu'il a pu apprendre, il écrit : «... tandis que nous rions et oublions... le bourreau exerce la torture et, martyrisé sur le chevalet de la question, le juif de Damas avoue...»
Pour bien des historiens, cette affaire marquera une date importante.