Le Lys rouge (1894) raconte la liaison d'une femme du monde, mariée à un homme politique, avec un artiste. Un voyage à Florence (que symbolise le titre) couronne cette union charnelle et mystique. Bientôt, la jalousie s'insinue dans le cœur de l'amant, qui met fin à la liaison.
Ce roman, unique en son genre dans l'œuvre, maintenant réhabilitée et revenue à la mode, d'Anatole France, est partiellement autobiographique, parce qu'il est fondé sur la liaison, d'abord passionnée, de l'auteur avec Mme de Caillavet. Il a voulu écrire un roman psychologique et mondain, où les personnages secondaires sont eux-mêmes inspirés du réel (Choulette est Verlaine) ; un roman charnel, sexuel, aussi, où il n'est retenu que par les limites de la bienséance habituelle à l'époque. Le cadre florentin ajoute un charme supplémentaire à ce qui est, toutes proportions gardées, l'Amour de Swann d'Anatole France.