Le Journal métaphysique, qui, primitivement, n'était pas destiné à la publication, est constitué par un ensemble de notes philosophiques rédigées au jour le jour. Il comprend deux parties : la première écrite en 1913-1914, la seconde de 1915 à 1923.
L'évidente différence de style entre les deux parties tient au fait que sous la pression de la guerre la pensée de l'auteur s'est tournée de plus en plus résolument vers le concret, vers l'existentiel, qui a trouvé dans le Journal métaphysique une des premières expressions qu'il ait revêtues en France. Il ne faut d'ailleurs pas parler de l'existentialisme, mais une thématique de l'existence considérée dans sa spécificité tend à s'y constituer par une réflexion qui se concentre de plus en plus sur le corps propre (par opposition au corps-objet ou instrument), sur la sensation traitée non plus comme message mais comme façon d'être au monde, sur la mémoire, sur la volonté, etc. Des phénomènes métaphysiques tels que la télépathie, la lecture de pensées, etc. sont considérés avec une attention particulière et l'auteur va jusqu'à se demander s'il ne conviendrait pas d'inverser la relation communément pré-supposée entre le psychologique et le métapsychique et si la clef des phénomènes dits normaux ne devrait pas être cherchée dans le supra-normal.