La Logique et la Métaphysique de Iéna se présentent comme un «fragment», c'est-à-dire non seulement comme un texte relativement lacunaire, mais surtout comme un élément du Système, dans lequel pourtant le Système se trouve présenté tout entier. Cette œuvre, écrite durant les dernières années du séjour à Iéna, au moment où s'élaborait le projet de la Phénoménologie de l'Esprit, répond au dessein spéculatif formulé par Hegel dès la période de Francfort ; elle met en évidence la fonction de la pensée dialectique comme mode d'accès à l'Absolu, et sa récurrence jusque dans la Métaphysique qui veut être la science de l'en-soi. Hegel abandonnera par la suite la distinction des deux exposés : à la seule Logique, il reviendra de réduire l'opposition marquée ici entre la «relation simple» et l'infinité. À son terme, l'Idée basculera, dans son autre : la Nature, comme fait ici l'Esprit absolu, en lequel s'achève la Métaphysique de la subjectivité.
L'intérêt de ce texte difficile est immense : en lui, la pensée hégélienne conquiert sa maîtrise et son autonomie, notamment par la critique déjà présente de Schelling, mais aussi par la méditation et le dépassement de la Logique aristotélicienne.