« Folio classique » rassemble les chefs-d’œuvre de la littérature classique française et étrangère : un texte sûr (conforme au manuscrit ou à la première édition), précédé d’une préface et accompagné d’un dossier réalisé par le meilleur spécialiste de l’œuvre, composé de notes, d’une bibliographie et d’une chronologie. Certaines éditions sont le prolongement en « poche » de la « Bibliothèque de la Pléiade », la plupart sont entièrement nouvelles. La collection privilégie le domaine francophone (deux tiers des ouvrages), sans négliger la littérature anglo-saxonne, allemande, espagnole, italienne, russe… et l’ancien français, le latin et le grec ancien – dont quelques éditions bilingues. Environ 60 % des titres édités datent du XIXe siècle, les textes de l’Antiquité et du Moyen Âge représentant plus de 10 % des volumes de la collection. Les textes sont donnés en intégralité, mais des anthologies sont aussi proposées (Anthologie des humanistes européens de la Renaissance, Écrivains fin-de-siècle…). Les essais et les textes d’idées sont aussi présents dans la collection (Éloge de la folie d’Érasme, Anatomie de la Mélancolie de Burton, Lettres choisies de Nietzsche…). De nombreuses éditions sont devenues des ouvrages de référence (la nouvelle édition des Pensées de Pascal, des Essais de Montaigne ou du Journal de Stendhal, la première édition en « poche » du Voyage en Orient de Lamartine ou de L’Homme de cour de Gracian…). Des textes moins connus des grands auteurs sont enfin remis à la disposition des lecteurs (Pauline et Gabriel Lambert de Dumas, Raphaël de Lamartine…).
  Jusqu’en 1995, les titres classiques paraissent en « Folio », sans marque distinctive. Leur édition est confiée au début des années 1990 à Jean-Yves Tadié, auteur de nombreux ouvrages de référence sur la littérature et la critique et spécialiste de Proust. Sans pour autant faire sortir les volumes du cadre de numérotation de « Folio », une marque spécifique « Folio classique » est créée en juin 1994, dont le logo apparaît sur les couvertures des nouveautés et des réimpressions (premier ouvrage concerné : l’édition en un volume des Frères Karamazov).

« Folioplus classiques », dirigée par Véronique Jacob, s'adresse aux élèves de lycée et de collège et répond aux programmes de l'Éducation nationale. Dans cette collection, le texte, œuvre intégrale ou anthologie, est enrichi d'une lecture d’œuvre d’art (tableau, sculpture, photographie, installation… par Alain Jaubert, Valérie Lagier, Pierre-Olivier Douphis, Agnès Verlet, Bertrand Leclair, Sophie Barthélémy…) pour mettre au jour les échos entre toutes les expressions artistiques. Après cela, un dossier plus spécifiquement littéraire s’organise en six points : mouvement littéraire, genre et registre, l'écrivain à sa table de travail, groupement de textes, chronologie et fiche.
  À côté de son catalogue classique, « Folioplus Classiques » s'est ouvert aux grands textes du vingtième siècle (Un long dimanche de fiançailles de Japrisot, Le Lion de Kessel, Paroles de Prévert, Enfance de Sarraute, Les Faux-Monnayeurs d’André Gide). La collection excelle également dans des anthologies riches et originales : Poèmes à apprendre par cœur, Le roman de Vautrin (un ensemble d’extraits qui suivent le personnage de Vautrin dans La Comédie humaine), Anthologie du théâtre français du XXe siècle, L’Intellectuel engagé.
La collection suit sa numérotation propre. 

« Folioplus philosophie » est dirigée par Véronique Jacob et s'adresse aux élèves de lycée, en répondant aux programmes de l'Éducation nationale. À l'exemple de son aînée « Folioplus classiques », la collection associe aux grands textes de la philosophie, de l'Antiquité au XXe siècle, une lecture d'image. Le texte est complété d'un dossier en six points : l'œuvre dans l'histoire des idées, la figure du philosophe, trois questions posées au texte, un groupement de textes et un lexique.

De Thomas H. Cook à Jo Nesbø, de Simenon à Caryl Férey, « Folio policier » suit les maîtres du roman noir et découvre les auteurs qui feront frémir les lecteurs de demain. Julie Maillard anime depuis 2010 la collection. Toutes les littératures policières y sont représentées, tant à partir des grands noms du fonds Gallimard (Chandler, Goines, Goodis, Hammett, Himes, Manchette, Izzo, Jonquet, Pouy, Daeninckx, Benacquista mais aussi Simenon, Boileau-Narcejac, Magnan, Japrisot…) et des découvertes récentes de la « Série noire » (Ingrid Astier, Stefán Máni), que par la reprise de titres d'éditeurs extérieurs (Le Masque, Asphalte, Bourgois, Denoël, le Rocher, Gaïa, Outside, Carnets Nord,  Table ronde, Nouveau Monde, les Allusifs pour des auteurs comme Simon Lelic, Kent Harrington, Heinrich Steinfest, Thierry Bourcy, Gabriel Trujillo Muñoz,  ou William Gay, couronné de plusieurs prix en 2010 et 2011…) De nombreux titres de « Folio policier » ont été publiés en première édition dans la « Série noire », parfois très récemment (Larry Beinhart, Elsa Marpeau, DOA…) ; quelques titres viennent de la collection « Blanche » (Simenon) et de l'ancienne « Noire » (Crews, Goines, Palahniuck, Kem Nunn, Sallis…). Les titres d'auteurs français dominent ; mais la littérature américaine constitue à elle seule plus du tiers de la collection, très nettement devant celle du Royaume-Uni. Plusieurs autres pays sont représentés : la Norvège (Gunnar Staalesen, Jo Nesbø, Kjell Ola Dahl...), l’Islande (Stefán Máni), la Suède (Staffan Westerlund, Åsa Larsson...), la Pologne (Marek Krajewski), l'Espagne (Matilde Asensi), Israël (Batya Gour), les Pays-Bas (Saskia Noort). À l'occasion de leur reprise en « Folio policier », certains titres font l'objet d'un travail éditorial renouvelé : ainsi, Terminus nuit de Patrick Pécherot, édition revue par l’auteur. Des recueils réunissant les enquêtes d’un héros ou les grands romans d’un auteur  sont également disponibles (Mémoire noire de Didier Daeeninckx, La Trilogie marseillaise de Jean-Claude Izzo, Romans noirs de Thierry Jonquet ou plus récemment Saga maorie de Caryl Férey).
  On trouvera sur le site de la collection (www.folio-lesite.fr/foliopolicier) une présentation complète de ses choix éditoriaux, par thème et de nombreuses critiques de libraires. La collection suit sa numérotation propre. À partir de janvier 2012, la collection « Folio policier » change de maquette pour des couvertures plus modernes tout en conservant la qualité des illustrations photographiques qui la caractérise. De nombreux titres de la collection ont été primés, à l'image de Petits meurtres entre voisins de Saskia Noort (Prix du polar SNCF 2010), Zulu de Caryl Férey (Grand prix de littérature policière 2008, Grand Prix des lectrices de Elle 2009) et de La Main droite du diable de Ken Bruen (Grand Prix de littérature policière 2009).

Dans la grande tradition des littératures de l'imaginaire, « Folio SF », laboratoire des possibles, propose des textes de science-fiction, de fantasy et de fantastique. Douglas Adams, Isaac Asimov, Serge Brussolo, David Gemmell, Robert Heinlein, M. John Harrisson, Robert Holdstock, H. P. Lovecraft, Christopher Priest, Norman Spinrad, Jack Vance, Robert Charles Wilson, Roger Zelazny y sont parmi les auteurs les plus représentés. La mythique collection « Présence du futur » (600 titres depuis 1954), cédant son fonds et laissant place en 2000 à « Folio SF », a largement contribué à la constitution de son catalogue ; la collection d'inédits « Lunes d'encre », chez Denoël, également.
  « Folio SF » a également publié plus de vingt-cinq inédits (La Voie du Sabre de Thomas Day, Dans la dèche au Royaume Enchanté de Cory Doctorow, Évadés de l’Enfer ! de Hal Duncan, Un chœur d’enfants maudits de Tom Piccirilli…), des éditions révisées ou augmentées (Tancrède de Ugo Bellagamba, Jardins virtuels de Sylvie Denis, Marionnettes humaines de Robert Heinlein, Les Aventures de Northwest Smith de C. L. Moore…) et des textes d'éditeurs tiers, comme les Éditions Bragelonne, Le Bélial', Mnémos, Les moutons électriques, Griffe d’encre, Télémaque...
  « Folio SF » accueille également les nouveaux chefs de file de l'imaginaire francophone, à l'image de Stéphane Beauverger, Alain Damasio, Thomas Day, Catherine Dufour, Mélanie Fazi, Johan Heliot, Jean-Phillippe Jaworski, Maïa Mazaurette...
  La SF dans « Folio » ? Façon d'affirmer que le « genre » n'est ni marginal ni mineur.
  La collection est animée par Pascal Godbillon.

« Folio documents » se voue à l'édition de documents d'actualité, des témoignages récents, réactualisés en fonction des événements produits à la suite de leur première publication. Leurs auteurs ne sont pas seulement observateurs ou enquêteurs ; ils sont aussi acteurs des faits qu'ils relatent. La plupart des titres sont issus de la collection « Impacts » de Denoël. Mais sans exclusive ; ainsi par exemple de Collèges de France de Mara Goyet ou d'Est-ce dans ce monde-là que nous voulons vivre ? d'Eva Joly. La reprise en poche est l'occasion pour les auteurs de revenir sur leur dossier dans des préfaces ou postfaces inédites ; ainsi pour Le Cauchemar médiatique de Daniel Schneiderman ou Nos Délits d'initiés de Guy Birenbaum. La collection suit sa numérotation propre.

« Folio 2 € » rassemble de courts romans, des nouvelles et des textes brefs de grands écrivains pour découvrir à petit prix des chefs-d'œuvre de la littérature mondiale. À l'image de « Folio classique », cette série d'ouvrages suit la numérotation générale de « Folio ». Tous les auteurs qui y sont publiés figurent par ailleurs au catalogue de « Folio », voire, plus marginalement, à celui de la « Série noire ». À noter, plusieurs recueils thématiques, autour de la rencontre amoureuse, de l'amitié, de la lettre à la mère, des stars du cinéma et des plaisirs de lecture. Les auteurs du fonds Gallimard du XXe siècle, français (Aragon, Kessel, Giono, Larbaud, Saint-Exupéry…) ou étrangers (Blixen, Chesterton, Cortázar, Dahl, Istrati, Kerouac, Himes, Mishima, Morante, Tagore, Wells…) – majoritaires –, côtoient des signatures plus contemporaines (Amis, Benacquista, Brussolo, Daeninckx, McEwan, Oulitskaïa, Pelletier, Pouy, Wiazemsky…) et de nombreux classiques (Balzac, Baudelaire, Constant, Diderot, Huysmans, Musset, Sade, Verne, Voltaire).
  Une série de textes inédits a été créée en 2007 : il s'agit de petits éloges composés par des auteurs contemporains, souvent liés à la maison Gallimard (Audeguy, Detambel, Fottorino, Laclavetine, Millet, Sansal). Il y est question de la bicyclette et des grandes villes, de la jalousie, de l'excès, de la colère, comme de la douceur, de la gourmandise, de la joie, de la solitude ou encore de la paternité et du cinéma d’aujourd’hui... Une série, cette fois composée de textes non inédits, est consacrée aux femmes de lettres : Beauvoir, Triolet, Renée Vivien...
  En couverture, une illustration photographique forte, contemporaine, aux couleurs vives et privilégiant les cadrages serrés, au plus près des sujets. Depuis septembre 2011, cette collection est animée par Bertrand Mirande-Iriberry.

Chaque titre de « Foliothèque », confié à des universitaires ou spécialistes reconnus (Philippe Berthier, Claude Debon, Michel Décaudin, Henri Godard, Jean-Michel Maulpoix, Bernard Pingaud…), comprend une analyse critique sous forme d'essai et un dossier documentaire fourni sur une œuvre d'un grand écrivain. Cette collection, placée sous la direction de Bruno Vercier (Université de la Sorbonne, Paris III), s'adresse tout particulièrement aux étudiants en littérature et aux professeurs. Près de 80 auteurs bénéficient ainsi d'une étude approfondie de l'une ou de plusieurs de leurs œuvres – Balzac, Camus, Duras, Gide, Hugo, Maupassant, Queneau, Sartre, Stendhal, Yourcenar et Zola étant à ce jour les plus commentés. La littérature française du XXe siècle est la mieux représentée. Yves Bonnefoy, Philippe Jaccottet, J.M.G. Le Clézio, Michel Tournier et Pierre Michon sont les seuls écrivains vivants à y avoir fait leur entrée. Roman, théâtre et poésie : « Foliothèque » ne se limite pas à un seul genre. La collection suit sa propre numérotation.
  La maquette de couverture est modifiée en mars 2005 (pour Ecuador et Un barbare en Asie d'Henri Michaux, n° 124) : une seule illustration désormais, puissante et imprimée en quadrichromie, alors que par le passé un damier de photographies évoquait l'auteur et son texte. Un cartouche uni rassemble les mentions d'auteur et de titre en tête de couverture. Cette bipartition graphique est également adoptée en mars 2005 dans la nouvelle maquette de couverture de la collection « Folio bilingue ».