Placée sous la direction d'Éric Vigne, « Folio histoire », dont le catalogue est riche à ce jour de 180 titres, dresse l’inventaire des voies empruntées par l’Histoire grâce aux plus grands historiens. De l’Antiquité au temps présent , les questions essentielles sont traitées par de grands spécialistes.
  Un tiers de la collection environ est issu du fonds des Éditions : de la « Bibliothèque des histoires », suivi par « Archives » (Agulhon, Bercé, Certeau, Farge, Ory, Ozouf), où les historiens mettaient en œuvre et en scène une documentation originale — et plus marginalement des autres collections d'histoire : « Trente journées qui ont fait la France » (Cabanis, Folz, Mousnier, Oldenbourg), « Encyclopédie de la Pléiade » (Histoire des mœurs),  La Pléiade (Histoire de la Révolution française de Michelet). On y retrouve donc les orientations desdites collections (place de l'anthropologie avec Vernant et Vovelle, histoire du politique avec Rosanvallon, historiographie…) et les grands historiens qui s'y sont principalement rattachés : Duby, Furet, Le Goff, Le Roy Ladurie…
  Le choix de donner des inédits, de nouvelles éditions ou des textes parus en première édition chez d'autres éditeurs étend considérablement son amplitude ; et ce faisant, enrichit le panorama des sciences historiques que constituent les nombreuses collections de la NRF : textes de référence (Œuvres complètes de Saint-Just), histoire économique et sociale (Jean Baechler, Paul Bairoch, Patrick Verley), histoire culturelle et intellectuelle (Sirinelli), histoire religieuse (Aux origines du christianisme, Le Monde de la Bible, Le Temps de la Bible, Bottéro…), histoire sociale, politique ou économique du temps présent (Le Proche Orient éclaté de Georges Corm ; L'Europe difficile de Bino Olivi ; la Seconde Guerre mondiale avec Hilberg, Kershaw, Rousso ; les politiques d'immigration avec Patrick Weil…), histoire idéologique et politique (les livres de Zeev Sternhell, par exemple), historiographie (Certeau, Ferro, Le Goff, Noiriel, Pomian, L'Historien et le cinéma, le collectif Historiographies. Concepts et débats)… La collection suit sa numérotation propre.
  La collection se redéploie en 2006 en accueillant de nouveaux textes sous la direction de Martine Allaire : ces ouvrages, inédits paraissant directement au format de poche, sont rédigés par des universitaires dont le discours scientifique s’allie à une capacité d’écrire pour un large public et  touchent un plus grand nombre de lecteurs, en proposant des synthèses sur certains grands aspects de l’Histoire (police, magistrature, Restauration, refus de la guerre entre 1914 et 1918, avant-gardes artistiques, histoire de la Mésopotamie, des Balkans, de la politique française en Afrique…)
  Cette collection vise à permettre aux lecteurs de mieux comprendre le monde contemporain dans son présent le plus immédiat comme dans son épaisseur historique, sans jamais négliger les préoccupations des enseignants d’histoire/géographie dans les collèges, lycée et les universités (par exemple, en lien direct avec le nouveau programme de 6e sur l’Orient Ancien , une Histoire de la Mésopotamie inédite de Grandpierre)

« Folio actuel » se veut, tout à la fois, un espace d'observation des courants de la vie moderne et de réflexion sur les options politiques et sociales qui en découlent. La collection s'efforce de répondre aux besoins des étudiants, notamment par sa politique de publications d'inédits ou de nouvelles éditions (39 leçons d'économie contemporaine ; Traité des nouveaux risques ; Les Grandes Batailles de l'énergie ; Qu’est-ce que la laïcité ?, Syndicalisme : lendemains de crise ?). De grands observateurs du fait contemporain y ont livré leur témoignage et leurs analyses : Gilles Kepel (Jihad), Edwy Plenel, Ignacio Ramonet, Dominique Schnapper, Emmanuel Todd, Raoul Vaneigem, Francis Fukuyama, Rémy Rieffel, Steven D. Levitt et Stephen J. Dubner… De nombreux ouvrages inédits ont paru en coédition avec Le Monde, notamment depuis 1999 dans le cadre de la série « Le Monde actuel », où sont réunies des études inédites de collaborateurs du quotidien d'information, synthétiques et rythmées par de nombreux documents (articles, tableaux, graphiques), sur de grandes questions sociales contemporaines : l'Afghanistan, l’Allemagne, la Corse, la gestion de l'eau, le marché de la drogue, la presse, l'école, les syndicat, Cuba...
  La collection suit sa numérotation propre et est dirigée par Éric Vigne.

« Folio bilingue » offre un choix de chefs d'œuvre anglais, allemands, italiens, espagnols, russes et portugais (par ordre décroissant de nombre de titres), donnés en édition bilingue, les textes français et étranger se faisant face en double page. Les éditions sont enrichies d'une préface inédite (Pennac pour Melville, Pontalis pour Freud…) et de notes apportant un éclaircissement sur le texte ou expliquant un choix de traduction. Les textes littéraires dominent, les textes courts (contes, nouvelles, brefs récits) du XXe siècle étant privilégiés (Bernhard, Carpentier, Cortázar, Dahl, Faulkner, Handke, Hemingway, Moravia, Pasolini, Schlink…). Mais on peut y lire également quelques essais (quatre titres de Freud), une sélection importante d'œuvres classiques (Cervantès, Dostoïevski, Gogol, Grimm, Goethe, Kleist, Machiavel, Poe, Pouchkine, Tolstoï...), du théâtre (anthologie de scènes célèbres de Shakespeare). La collection suit sa numérotation propre.
  La maquette de couverture, d'abord exclusivement typographique, propose depuis le numéro 127 (Le Compagnon secret/The Secret Sharer de Joseph Conrad, paru en mars 2005) un traitement en bichromie d'une illustration : à chaque domaine linguistique est associée une couleur spécifique ; un cartouche gris rassemble les mentions d'auteur et de titre en tête de couverture. Depuis septembre 2011, cette collection est animée par Bertrand Mirande-Iriberry.

« Folio théâtre » se voue à l’édition des plus grandes pièces classiques et contemporaines du répertoire français et étranger. Chaque volume propose le texte intégral précédé d’une préface et accompagné d’un appareil critique (notes, chronologie, bibliographie) et d’une histoire des mises en scène. Le XXe siècle domine (plus du tiers des titres : Camus, Claudel, Cocteau, Genet, Audiberti, Anouilh, Adamov, Ionesco…) ainsi que le XVIIe (Corneille, Racine, Molière…), sans oublier le XIXe siècle des Labiche, Feydeau, Hugo, Musset et Wilde. Les deux tiers du catalogue environ sont consacrés au théâtre français ; suit la scène anglo-saxonne (Shakespeare, John Ford…) ainsi que le théâtre de langue allemande (Schiller, Goethe, Büchner…), italienne (Pirandello…), espagnole (Calderón, Lope de Vega…), russe (Tourguéniev, Ostrovski…). Quelques pièces sont proposées en version bilingue. Des auteurs contemporains ont fait leur entrée dans la collection, tel Valère Novarina, rejoignant Marguerite Duras et Nathalie Sarraute.
  « Folio théâtre » est dirigé par Jean-Yves Tadié, spécialiste de littérature française du XXe siècle, et suit sa propre numérotation. La conception graphique de la couverture a été revue en février 2005, à l’occasion de la publication des Fâcheux de Molière (n° 92) : illustration détourée, reprise en quatrième page de couverture, logo de la collection redessiné… Un nouveau départ pour des œuvres du répertoire !