Dans Monsieur Godeau marié (1933), il s’est déjà confessé de façon indirecte. Cependant là, quand il s’agit de révéler plus franchement que Gide ne l’a fait dans Corydon son « infernal » désir, tout à côté de son lit conjugal, pour les corps de certains « terrassiers », Jouhandeau hésite à publier. D’abord, en 1929, Gaston Gallimard a été le témoin de son mariage avec Élise. Ensuite, cela risquerait de lui faire perdre son poste de professeur de latin au pensionnat libre de Saint-Jean de Passy. Par-dessus tout, son attachement absolu à la foi chrétienne le rend extrêmement inquiet envers ses penchants sexuels. Tout en reconnaissant l’influence sublime du corps nu du Christ sur son âme d’enfant en prière, il ressent ce « vice » pédérastique comme un possible déshonneur, qui détériore gravement mais voluptueusement certaines couches de sa sensibilité : « Il s’agit de se détourner moins de la folie et de la mort, que d’une certaine bestialité secrète et définitive ».
À l’été 1935, il écrit à Paulhan que « L’Abjection se meut de plus en plus vers la gloire (gloire intérieure s’entend) » ; puis, à l’automne, qu’elle « s’améliore et s’enrichit sans cesse ». Comme il vient de publier son propre Algèbre des valeurs morales, où il fait en particulier l’« apologie du mal »,  il se sent une liberté intérieure nouvelle. Mais dans l’hiver, la torpeur le reprend, il se rencogne et ne se console qu’en travaillant pour Paulhan. Fin février 1936 vraisemblablement, ce dernier vient chez lui, porte Maillot, chercher le manuscrit. Par distraction, il en repart sans « le quart livre » qui justifie le titre. « Je fais en effet une distinction essentielle », lui précise aussitôt Jouhandeau, « entre le péché qui est le sujet du 3^e chapitre et l’abjection elle-même qui est le sujet du 4^e chapitre. C’est l’abjection même qui délivre du péché. Avec la 4^e partie, tu aurais eu davantage encore le sentiment que c’est là un drame. Ne crois pas surtout que ce soit un ouvrage dont je souhaite la publication, mais je me réjouis de l’avoir fait, parce qu’il m’a libéré de moi-même. Il me semble qu’après cela je vais être disponible pour d’autres objets, que je vais devenir plus objectif. » Mais Jouhandeau est apeuré. Sa mère est malade. Il l’assiste jusqu’au dernier souffle. La nuit du 16 [sic] mars, pendant qu’elle est sur son lit, ils parlent de L’Abjection. Elle se courrouce, mais il ne sent pas que ce soit grave. Paulhan est si ému qu’il se rend à Guéret pour l’enterrement, ce qui scelle une amitié profonde entre les deux hommes. « C’est en pensant à Elle que je relirai ce livre et je verrai ce qu’il m’est possible d’en garder », lui écrit Jouhandeau le 19 mars.
S’en suit plusieurs mois d’atermoiements. Chaque fois que l’écrivain essaie de reprendre son texte, « une nausée, des larmes et je ne sais quel poison [l]’envahit, des brûlures partout ». En outre, entre Paulhan et lui, une tension politique s’immisce, Jouhandeau ayant publié dans L’Action française trois odieux articles antisémites, qu’il reprend en 1937 chez Sorlot sous le titre : Le Péril juif. « J’ai obéi à un devoir public », écrit-il pour s’en justifier, « et je demeure l’homme privé que je sais. Des livres comme L’Abjection et les Chroniques [maritales, 1938] sont de l’homme privé ». Paulhan essaiera malgré tout de persuader son ami de la bêtise antisémite jusqu’à ce qu’il revienne sur ses positions, à tout le moins cesse d’en parler, à partir de décembre 1941. Pour l’heure, Paulhan cherche à obtenir de Jouhandeau le droit de publier son traité. Et les mois passent.

Le 23 mai 1938, Jouhandeau demande s’il n’y a pas un moyen – comme pour le Livre blanc (1928) de Cocteau – de faire paraître l’Abjection « sans nom d’auteur ou de quelque manière qui [l]’empêche d’encourir les foudres du Pensionnat ». Soit. Celles-ci n’ont d’ailleurs plus lieu d’être après que le Ministère de l’Instruction Publique lui a remis le prix Lasserre. On discute du titre. Paulhan propose : « Éloge de l’Abjection », ce que refuse Jouhandeau. « Il me semble que je décris l’A[bjection] plutôt que je ne la loue ». En septembre, des extraits De l'Abjection, nom d'auteur : ***, paraissent dans La NRF.

En octobre, Claude Mauriac fait paraître chez Grasset un essai sur l’écrivain : Introduction à une mystique de l’enfer. Au printemps 1939, Jouhandeau attend les épreuves de son livre. De l’Abjection paraît finalement en août dans un format « in-16 jésus » de la collection « Métamorphoses ». L’ouvrage est dédié à Paulhan : « Mon cher Jean, reçois ce texte comme un document concernant n’importe qui et que je n’ai consenti à te donner que parce que j’étais tenté de le détruire. »

Les réactions sont peu nombreuses. Bien que le traité ait d'abord paru anonymement dans La NRF, on sait vite qu’il est de Jouhandeau. Avec Montherlant, il est le seul auteur à écrire encore comme au grand siècle ; par ailleurs, le trahissent son ton de moraliste animé par une fureur secrète, et tout ce qu’il dit de son enfance passée dans une boucherie. Si Haedens rédige une note admirative dans La NRF de mai 1940, Sartre, lorsqu’il prépare un volume sur Genet, signera en novembre 1950 un papier plus mitigé dans Les Temps modernes. Quant à Gide, il déplore avec affection le climat d’angoisse, qu’il juge « affreux », ajoutant qu’il entend cela au « plein sens » du mot. Avec De l’Abjection, Jouhandeau inaugure un procédé de coq-à-l’âne auquel il aura par la suite souvent recours. À ce traité répondra à la fin de sa vie un autre qui a pour titre De la grandeur, car chez lui tout tient d’un bloc ; Paulhan voyait son œuvre comme une « grande robe sans couture ». De l’Abjection a rencontré un petit nombre de lecteurs fervents, sans cesse renouvelé ; il a vraisemblablement influencé la matière spirituelle et sensuelle des livres de Claude-Louis Combet, Philippe Le Guillou et Dominique Fernandez. Par leur fascination du Mal, certaines pages mystiques de Richard Millet lui doivent beaucoup.