De 1231 à sa mort en 1253, Dôgen a mis par écrit ses enseignements, et son disciple Ejô les a ensuite compilés en un recueil (Shôbôgenzô, «Le Trésor de l'Œil de la vraie Loi»). La profondeur et l'originalité de la pensée de Dôgen le placent au sommet de la spiritualité bouddhique. Contrairement aux enseignements classiques qui montrent le chemin à suivre pour atteindre l'Éveil, Dôgen plonge directement dans l'expérience d'un tel état et invite le lecteur à voir en lui-même la vraie réalité, ici et maintenant, dans la posture de zazen.
Pour ce faire, il est amené à examiner la nature de la conscience bouleversée par ce déchirement, sans rapport avec l'ordinaire du «non-éveillé». Ses recherches le conduisent à explorer des domaines aussi insaisissables que la définition du temps, de l'espace, de l'univers, du bien et du mal ou de la nature, sans qu'apparaisse jamais la notion d'un «moi» au sens psychologique, occidental du terme.