1971. Emprisonné par les Khmers rouges, l'ethnologue François Bizot doit sa libération à son geôlier, un jeune révolutionnaire idéaliste du nom de Douch.
1988. En visitant l'ancien centre de torture de S21, Bizot découvre que Douch est responsable de la mort de milliers de personnes.
2003. Bizot revoit Douch pour la première fois. Un étrange dialogue se poursuit au-delà de leur rencontre.
2009. Au procès des Khmers rouges, François Bizot est le seul témoin convoqué par la Chambre. Dans une déposition bouleversante, il expose l'interrogation au centre de sa vie – comment reconnaître les crimes des bourreaux sans mettre en cause l'homme lui-même? Comment faire face à Douch sans nous regarder dans le miroir?

Dix ans après Le portail, François Bizot continue d'instruire dans Le silence du bourreau cet éternel dossier que Romain Gary appelait «l'Affaire Homme».