Le jeune Aga Akbar, cadet de sept enfants et fils illégitime d'un noble persan, est sourd-muet. Il communique dans un langage de signes rudimentaire, mais souffre de ne pouvoir exprimer ses pensées, ses sentiments. Ne sachant comment lui enseigner l'alphabet persan, son oncle lui demande de recopier une inscription en écriture cunéiforme vieille de trois mille ans, sans doute un ordre du premier roi de Perse. Dès lors, Aga Akbar se sert de ces caractères cunéiformes et remplit des cahiers dans une écriture que personne d'autre que lui ne comprend.
Des années plus tard, son fils Ismaël quitte l'Iran et arrive en tant que réfugié politique aux Pays-Bas. Désemparé face à une société dont il ne connaît pas les règles, il décide de traduire les notes de son père, le porte-parole de l'histoire de son pays. La construction de la première ligne de chemin de fer, l'hostilité de la dynastie régnante à la religion puis la révolution islamiste ne sont que quelques-uns des épisodes que le narrateur fait revivre à travers le récit de la vie d'Aga Akbar. Par ce va-et-vient entre le passé et le présent, entre l'histoire de son père et la sienne, il crée lui aussi un langage inédit, poétique et provocateur.
Cunéiforme est un grand livre romanesque dont la toile de fond est constituée par les mythes et les récits de la culture persane millénaire, en même temps qu'un roman très politique sur les errements de l'Iran au vingtième siècle, entre fanatisme et modernité. Mais surtout, Kader Abdolah a écrit avec Cunéiforme un magnifique livre sur l'amour d'un fils pour son père.