L'histoire qu'a choisi de conter l'auteur de Perdre la demeure se situe en 1870, après la victoire de l'Empereur Meiji sur le dernier Shôgun et la modernisation consécutive du Japon. Depuis un an déjà, la capitale a été transportée de Kyoto à Tokyo, et des ingénieurs anglais sont en train de construire une ligne de chemin de fer qui la reliera à Yokohama. L'Empereur a décidé de faire construire également une voie ferrée entre la ville d'Etu-screp dans l'île de Hokkaïdo (Yeso) et la ville de Sapporo, sur le versant occidental de l'île. Il faut traverser des forêts épaisses et des montagnes pour établir ce parcours, et l'ingénieur anglais aura fort à faire pour mener la chose à bien. La main-d'œuvre est fournie par des Japonais, des Coréens et des Aïnos – ces aborigènes refoulés du Yeso – généralement escortés de leurs femmes et de leurs enfants ; ils sont à la fois surveillés et protégés par des soldats de l'Empereur, une section commandée par le capitaine Watakashi Hizen, de la classe des samouraïs, ouvert aux idées nouvelles, et parlant assez bien l'anglais et le français. Cette dernière langue lui est utile pour converser avec Neufville, l'officier français chargé d'apprendre aux Japonais le fonctionnement des armes modernes et le maniement du chassepot.
On assistera tout au long du roman aux diverses péripéties de cette construction et aux difficiles rapports entre les Européens et les Japonais. Pour Hizen, Japonais à l'esprit méditatif et scrupuleux, l'européanisation se pose comme un cas de conscience. Au capitaine de Neufville qui lui dit : «Il s'agit pour vous de résoudre ceci : en se transformant dans le sens occidental, le Japon doit-il en même temps emprunter son âme à l'Occident?», il répond : «Non, capitaine de Neufville ; je n'admets pas que, pour acquérir vos techniques, nous soyons contraints de tout abandonner». Un épisode coloré et romanesque viendra cristalliser toutes les hésitations de Hizen : le camp et les Européens du camp sont attaqués à plusieurs reprises par un samouraï rebelle, «au casque d'argent surmonté d'un cimier d'or», qui fond sur eux à l'improviste, les crible de flèches et repart comme l'éclair sur son étalon invincible. Désespérant d'en venir à bout, Hizen va le trouver dans son repaire et tente de le raisonner ; l'autre, qui ne connaît que son vieux code d'honneur, ne veut rien entendre. Il sera un jour fait prisonnier, mais Hizen aura, dans l'intervalle, fait le tour de toutes ses croyances religieuses, de toutes ses traditions d'honneur, de sacrifice, d'idéal, et en sera venu à douter des bienfaits de la modernisation. Devenu suspect aux yeux de ses collègues pour son indulgence à l'égard du samouraï, dénoncé à la Cour, il sera destitué de son commandement et envoyé en disgrâce. Et comme les Français, par suite de la défaite que leur a ingligée l'Allemagne, ont perdu leur crédit à la Cour, c'est un officier allemand qui vient prendre la place de Neufville et commander avec une fermeté toute nouvelle le respect de la discipline et le maniement des armes.