Le tome IV réunit des œuvres de la fin du Second Empire et du début de la Troisième République. Elles révèlent un écrivain tourné vers son siècle et prenant position sur des sujets alors brûlants. Longtemps proche des cercles impériaux, Flaubert ne perd jamais son sens critique. Si ses amitiés républicaines l’emportent finalement, sa verve ironique éclate dans une pièce comme Le Candidat (1874), qui met en scène les jeux électoraux. Ce Candidat fait partie, en outre, d’un ensemble d’expérimentations dans différents genres dramatiques (féerie, comédie, farce) qui dévoilent une face peu connue de l’écrivain. Quant à sa préface (1872) aux Dernières chansons de son ami Bouilhet, incursion dans un domaine jusqu’alors tenu à distance, la critique littéraire, elle constitue en quelque sorte son art poétique.
Le grand livre de la période est L’Éducation sentimentale (1869), roman de la monarchie de Juillet et de la révolution de 1848, des ambitions et des (dés)illusions, du « continuel avortement humain » (Zola). Flaubert écrit là ses Illusions perdues. Son « Histoire d’un jeune homme » (c’est son sous-titre) peut se lire à la lumière de l’« Histoire d’un grand homme à Paris » (c’est celui de Balzac). Entre sentimentalisme et politique, ce grand roman esquive toute grandeur. Il retrace des vies privées marquées par le renoncement et redonne à l’événement historique, vingt ans après, l’opacité qu’il revêtait aux yeux de ceux qui le vivaient.
Au tome V sont rassemblés les trois derniers chefs-d’œuvre de Flaubert. La Tentation de saint Antoine (1874), c’est « l’oeuvre de toute [s]a vie » : il y songeait depuis 1845. Les tumultes des premiers temps de la Chrétienté et la prolifération des mythologies et des figures fantastiques forment une « archéologie des savoirs » qui entre en résonance, Foucault l’a bien vu, avec l’autre vieux projet auquel travaille Flaubert, Bouvard et Pécuchet, mise en fiction des déboires passionnés de « deux bonshommes » aux prises avec l’encyclopédie contemporaine. Les deux titres exposent en effet la violence des croyances, l’étrangeté des représentations, la menace des certitudes.
Les tourments que cause à Flaubert la composition de Bouvard trouvent un remède provisoire dans l’écriture et la publication (1877) des Trois contes : « Une petite bêtise moyenâgeuse » (La Légende de saint Julien l’Hospitalier), « mon Perroquet » (Un cœur simple) et « mon Saint Jean-Baptiste » (Hérodias). « Il me semble que la Prose française peut arriver à une beauté dont on n’a pas l’idée ? » écrit-il à Tourguéniev — et c’est bien le cas. Puis il retourne à Bouvard et Pécuchet, qui demeurera inachevé. Dix chapitres sont rédigés et mis au point. Restent la documentation qui devait être utilisée dans le « Second volume » du roman — la « Copie » des deux bonshommes — et le célébrissime petit livre qui est à l’origine du projet : Le Dictionnaire des idées reçues, arrangé « de telle manière que le lecteur ne sache pas si on se fout de lui, oui ou non ».
Le « Second volume » de Bouvard et Pécuchet, sottisier tourné contre les idées reçues et la violente bêtise du siècle, est ici présenté intégralement, selon un dispositif inédit. Les œuvres recueillies dans les deux derniers tomes des Œuvres complètes sont accompagnées d’appendices qui en éclairent la genèse aussi bien que la réception. Les cinq volumes de la Correspondance complètent l’édifice.