Au XVIIe siècle, le mousse Petit Gwenn assiste à la destruction de Libertalia, cette cité hors la loi créée par le capitaine Misson, génie visionnaire et utopiste. Les coupables, des nomades que les pirates avaient chassés à leur arrivée, sont faits prisonniers. Mais un autre danger menace l'équipage : les Anglais, bien décidés à capturer les forbans. Misson n'a d'autre choix que de s'allier avec les nomades pour fuir en remontant le fleuve à l'embouchure duquel leur ville était construite.
Commence alors une folle aventure, grandiose et tragique. S'enfonçant toujours plus loin sans rencontrer âme qui vive, les membres de l'équipage, frappé par la folie ou par la maladie, meurent les uns après les autres…