Pendant la guerre de Sécession, cinq Nordistes, prisonniers des troupes séparatistes, réussissent à s'échapper à bord d'un ballon. Franchissant les océans, l'engin se trouve pris par la tempête et échoue sur une île perdue au milieu de l'océan Pacifique. Les cinq compagnons, l'ingénieur Cyrus Smith et son chien Top, le reporter Gédéon Spilett, Nab, Pencroff et le jeune Harbert, s'organisent, semaine après semaine, pour survivre, unissant leur talent et leur ingéniosité. L'île offre d'ailleurs des ressources inattendues. Cependant, une série de faits inexplicables, de coïncidences troublantes, viennent perturber leur nouvelle existence, leur laissant croire à une présence étrangère, qui les épie, leur imposant sa volonté par des voies détournées, intervenant pour les sauver aux moments critiques… Parviendront-ils à percer le secret que cache l'île mystérieuse?